Wie jede andere Hunderasse hat auch der Boerboel mit verschiedenen Problemen zu kämpfen. Das wohl größte Problem aufgrund der Größe und des Gewichtes ist das Problem mit den Knochen und Gelenken, wie bei anderen Molossern auch. Seit Jahren belegen alle Statistiken, dass die großen schweren Hunde bis zu 50% von HD betroffen sind. HD ist die Abkürzung für Hüftgelenksdysplasie und bedeutet einfach ausgedrückt: die Hüftknochen sitzen nicht perfekt in den Hüftgelenkpfannen. Nach neueren Erkenntnissen ist die HD zu einem Drittel genetisch bedingt, ein Drittel wird von der Ernährung negativ beeinflusst und das restliche Drittel rührt von der Überlastung des Bewegungsapparates. Weiterhin tritt häufig ED (Ellenbogengelenksdysplasie) auf, vermehrt sind Kreuzbandrisse ein Problem und Scheinträchtigkeiten sowie Magendrehungen. HD und ED gehen einher mit Einschränkungen des Bewegungsapparates, können heute aber auch schon sehr gut “repariert” werden, allerdings nur mit hohem Kostenaufwand und einer anstrengenden Genesungsphase, da der Hund lange ruhig gehalten werden muss. Beste Vorkehrungen kann man treffen, in dem man möglichst HD-freie Elterntiere aussucht, den Welpen eher zu knapp als zu reichlich füttert und körperliche Überlastung vermeidet. Das Fahrradfahren mit dem Boerboel sollte wenigstens in den beiden ersten Lebensjahren tabu sein. Treppen sollten ganz gemieden werden, ebenso das aus dem Auto herausspringen oder “joggen”. Scheinträchtigkeiten treten sehr häufig auf, auch hier kann man entgegenwirken. Sobald es häufiger vorkommt und mit weiteren Schwierigkeiten verbunden ist, hilft manchmal nur noch die Kastration/Sterilisation. In den Fokus der Betrachtung rückt inzwischen auch die Übertypisierung des Boerboels, deutlich erkennbar an der teilweise abnormen Größe, den Gewichten und der Schädelgröße. Dies führt zu einer signifikanten Steigerung der Kaiserschnittrate, mit der züchterisch leider bereits geplant wird.