Wie jede andere Hunderasse hat auch der Boerboel mit verschiedenen Problemen zu kämpfen. Das wohl größte Problem aufgrund der Größe und des Gewichtes ist das Problem mit den Knochen und Gelenken, wie bei anderen molossoiden Hunden. Seit Jahren belegen alle Statistiken, dass die großen schweren Hunde bis zu 50% von HD betroffen sind. HD ist die Abkürzung für Hüftgelenksdysplasie und bedeutet einfach ausgedrückt: die Hüftknochen sitzen nicht perfekt in den Hüftgelenkpfannen. Nach neueren Erkenntnissen ist die HD zu einem Drittel genetisch bedingt, ein Drittel wird von der Ernährung negativ beeinflusst und das restliche Drittel rührt von der Überlastung des Bewegungsapparates. Weiterhin tritt häufig ED (Ellenbogengelenksdysplasie) auf, vermehrt sind Kreuzbandrisse ein Problem, Scheinträchtigkeiten sowie Magendrehungen . HD und ED gehen einher mit Einschränkungen des Bewegungsapparates, können heute schon sehr gut “repariert” werden, jedoch mit hohem Kostenaufwand und einer anstrengenden Genesungsphase, da der Hund lange ruhig gehalten werden muss. Beste Vorkehrungen kann man treffen, in dem man möglichst HD-freie Elterntiere aussucht, den Welpen eher zu knapp als zu reichlich füttert und körperliche Überlastung vermeidet. Treppen sollten möglichst gemieden werden, ebenso das aus dem Auto herausspringen oder “joggen”. Scheinträchtigkeiten treten sehr häufig auf und zeigen sich mit besonderer Anhänglichkeit der Hündinnen oder auch Ressourcensicherung (aggressives, aber auch depressives Verhalten). Die Zitzen schwellen an (manchmal kommt es auch zur Milchproduktion), Nestbauverhalten und „bemuttern“ von Spielzeugen.

In den Fokus der Betrachtung rückt inzwischen auch die Übertypisierung des Boerboels, deutlich erkennbar an der teilweise abnormen Größe, den Gewichten (90kg +) und der Schädelgröße. Dies führt zu einer signifikanten Steigerung der Kaiserschnittrate, mit der züchterisch leider bereits geplant wird. Noch aufzuführen wäre vielleicht das „Blutohr“. Ein Othämatom ist häufig die Folge einer Ohrenerkrankung. Das Ohr juckt und der Kopf wird geschüttelt. Durch das schütteln können Blutgefäße in der Ohrmuschel verletzt werden und es sammelt sich Blut. Das Ohr schwillt an. Es sollte schnellstmöglich ein Tierarzt aufgesucht werden um die Ohrenerkrankung zu behandeln und auch das Blutohr. Es können Narben zurückbleiben.